Formations
Histologie : de la préparation d’échantillons à la validation des marquages par analyse d’image
du lundi 06/10/2025 au vendredi 10/10/2025
Le programme de formation
Objectifs:
-Acquérir des bases théoriques et pratiques sur la préparation des échantillons pour la microscopie photonique (lumière visible et fluorescence) et la quantification du signal
- Savoir préparer un échantillon en histologie (coloration - immuno-marquage)
- Connaître les différents types de préparation en fonction de la question biologique posée
- Savoir adapter la préparation des échantillons pour une analyse du signal solide et reproductible
- Savoir reconnaître les artefacts de préparation les plus courants et savoir vérifier la qualité de ses marquages à l’aide de logiciels d’analyse d’image
Contacts inscription : CNRS formation entreprises - Tél. : +33 (0)1 69 82 44 55 - cfe.contact@cnrs.fr
Cycle des cafés-démo 2025
La plateforme MicroPICell organise une série de cafés-démo en analyse d'image. Venez découvrir un logiciel d’analyse en dégustant un thé ou un café ! Ces rendez-vous sont accessibles sur inscription.
Icy, Jeudi 13 mars 13h à 14h Salle 4 https://forms.gle/muk4EBj7XEnFzksQ7
Imaris, Mardi 6 mai de 13h à 14h Salle 4 https://forms.gle/naHf5Fd4no6tKZb36
Napari, Jeudi 12 juin de 13h à 14h Salle 4 https://forms.gle/59wFPsJ85Hb4iZfy5
Arivis, Mardi 9 septembre de 13h à 14h Salle 4 https://forms.gle/g8KfmhXFdwjTbJoc8
CellProfiler, Mardi 7 octobre de 13h à 14h Salle 635 https://forms.gle/UAXTYyJLi8zZFRbt8
NIS module GA3, Jeudi 13 novembre 13h 14h Salle 4 https://forms.gle/8RRdeX91mYd34YiD6
Jupyter Notebook, Mardi 9 décembre 13h à 14h Salle 4 https://forms.gle/1UFzFSjRiFLxf6Sy9
Cycle de formations en analyse d'images 2025
La plateforme MicroPICell organise une série de formation en analyse d'image. Les places sont limitées sur le principe de premier arrivé premier servi (n’hésitez pas à nous contacter par mail (melodie.ambroset@univ-nantes.fr) pour être en liste complémentaire).
Vous devez apporter un ordinateur portable pour ces formations. En cas d'inscription à la formation, merci de bien noter les dates sur vos agendas et de prévenir en cas d’absence.
Introduction à l’analyse d’images avec QuPath ( Mardi 25 Février 2025)
Prérequis: Un ordinateur portable avec écran suffisamment confortable et privilèges administrateur
Objectifs: Acquérir les bases du traitement et de l’analyse des images numériques en biologie; Apprendre à les mettre en pratique sur QuPath
Programme: Introduction à l’analyse d’images digitales en biologie (notions de base); Introduction à QuPath: concepts généraux (notion de projet, charger des images, interface); Déconvolution couleur; Détection d’objets, de tissu, segmentation et classification; Cartes de densité et mesures spatiales; Exporter des mesures; Introduction à l’automatisation (workflow recorder, automatisation en lots)
Durée/dates: 1 journée Mardi 25 Février de 9h à 12h30 et de 14h à 17h30
Lien Google form: https://forms.gle/L3RHXrJrPDoVPTat8
Création de figures scientifiques et éthique de l'image (Jeudi 13 Mars 2025)
Prérequis : Un ordinateur portable avec écran suffisamment confortable et privilèges administrateur ; Avoir suivi l'introduction à ImageJ/Fiji ou bien maîtriser les bases du logiciel
Objectifs : Apprendre à présenter ses images de microscopie dans des publications scientifiques
Programme : Éthique de l'image et bonnes pratiques pour la création de figures d'images de microscopie ; Présentation du plugin EZFig sous ImageJ
Durée/dates : 1 demi-journée Jeudi 13 Mars 14h à 17h30
Lien Google form: https://forms.gle/AcrcucKzPgFNm7sv8
Introduction à l’analyse d’images avec Fiji/ImageJ (Mardi 29 avril 2025)
Prérequis: Un ordinateur portable avec écran suffisamment confortable et privilèges administrateur
Objectifs: Acquérir les bases du traitement et de l’analyse des images numériques en biologie ; Apprendre à les mettre en pratique sur ImageJ/Fiji
Programme Introduction à l’analyse d’images digitales en biologie (notions de base) ; Prétraitement des images ; Segmentation : seuillage, watershed, starDist ; Réaliser des mesures ; Éthique et reproductibilité ; Enregistrer et modifier des macros simples
Durée/date : 1 journée Mardi 29 Avril de 9h à 12h30 et de 14h à 17h30
Lien Google form: https://forms.gle/qRkEk8xR7bLQKV6d6
Introduction à la rédaction de macros dans ImageJ: IJ1 scripting (Jeudi 22 Mai 2025)
Prérequis : Un ordinateur portable avec écran suffisamment confortable et privilèges administrateur ; Avoir suivi une formation d’introduction à ImageJ ou être familier du logiciel
Objectifs : Apprendre à généraliser un workflow et l’appliquer à des batchs d’images.
Programme : Bien préparer une automatisation : définition des tâches élémentaires et notion d’algorithmique ; Notion de variable, de boucles et d’exécution conditionnelle ; Utilisation des fonctions propres d’ImageJ dans les macros : filtrage, gestionnaire de régions d’intérêts, morphométrie, etc. ; Utilisation des fonctions ajoutées à ImageJ dans les macros : les plugins ; Simplification des actions répétées et clarification du code : notions de fonctions ; Interagir avec l’utilisateur : entrées/sorties et interface graphique.
Durée/dates : 1 journée Jeudi 22 Mai de 9h à 12h30 et de 14h à 17h30
Lien Google Form : https://forms.gle/MVz3P5YoCWRpp5F66
Sensibilisation au Deep Learning + Cellpose human-in-the-loop (Mardi 30 Septembre 2025)
Prérequis : Un ordinateur portable avec écran suffisamment confortable, privilèges administrateur et 8GB de RAM minimum
Objectifs : Se familiariser avec les principes et le vocabulaire de base de l’intelligence artificielle pour l’analyse d’images ; Apprendre à utiliser l’outil Cellpose pour la segmentation
Programme : Comprendre le principe théorique du Deep Learning et les différences avec le Machine Learning ; Apprendre le vocabulaire du Deep Learning ; Installer Cellpose ; Annoter avec Cellpose et ré-entrainer un modèle
Durée/dates : 1 journée Mardi 30 Septembre de 9h à 12h30 et de 14h à 17h30
Lien Google Form : https://forms.gle/oRGA7JKm2pqg6TmBA
Introduction à l’analyse d’images avec QuPath (Jeudi 23 octobre 2025)
Préequis : Un ordinateur portable avec écran suffisamment confortable et privilèges administrateur
Objectifs : Acquérir les bases du traitement et de l’analyse des images numériques en biologie ; Apprendre à les mettre en pratique sur QuPath
Programme : Introduction à l’analyse d’images digitales en biologie (notions de base); Introduction à QuPath: concepts généraux (notion de projet, charger des images, interface); Déconvolution couleur; Détection d’objets, de tissu, segmentation et classification; Cartes de densité et mesures spatiales; Exporter des mesures; Introduction à l’automatisation (workflow recorder, automatisation en lots)
Durée/dates : 1 journée Mardi 25 Février de 9h à 12h30 et de 14h à 17h30
Lien Google Form : https://forms.gle/RWYNTpMcVvsPkxzV8
Formations individuelles à la demande
Ces formations sont réalisées pour des utilisateurs ayant un besoin à court terme des services de la plateforme MicroPICell.
La demande de formation se fait suite à une première prise de contact avec les personnels de la plateforme
HISTOLOGIE
Microtome
Séance de formation pratique, durée 1h.
Cryostat
Séance de formation pratique, durée 1h.
IMAGERIE PHOTONIQUE
-Formation confocal :
Une première partie théorique de 4 heures puis une partie pratique appliquée de 4 heures.
Par la suite, chaque utilisateur utilisant un système sera accompagné par les responsables de la PF.
-Formation Super résolution SIM :
Cette formation sera effectuée après que l’utilisateur soit en complète autonomie sur un système confocal. Durée 2 heures.
-Formation Scanner de lame :
La formation est constituée d’une séance de formation de 1h à 1h30. L’utilisateur devra préciser son besoin ou non du mode fluorescence.
Formation Vidéo microscope simple ou mesure ionique intracellulaire (ex : Fura-2) :
La formation se déroulera par osmose. Les responsables de la plate forme réaliseront la manipulation du système en présence de l’utilisateur qui devra noter les différentes étapes.
En fonction de la complexité de la demande, cette formation « au fil de l’eau » pourra durer plusieurs séances.
Formation High Content Screenning (HCS)Sur demande
Formation imprimante 3D
Une séance de formation pratique, durée 1h.
TRAITEMENT D’IMAGE
Formation Imagej / Fiji / icy
Les formations individuelles seront réalisées pour répondre à une question précise.
Pour une formation plus générale, se référer au plan de formation de la plate-forme.