Formations

Cycle de formations en analyse d'images 2024

La plateforme MicroPICell organise une série de formation en analyse d'image. Les places sont limitées sur le principe de premier arrivé premier servi (n’hésitez pas à nous contacter par mail (melodie.ambroset@univ-nantes.fr) pour être en liste complémentaire).

Vous devez apporter un ordinateur portable pour ces formations. En cas d'inscription à la formation, merci de bien noter les dates sur vos agendas et de prévenir en cas d’absence.

Introduction à l’analyse d’images avec QuPath (mai/juin 2024)

Prérequis: Un ordinateur portable avec écran suffisamment confortable et privilèges administrateur

Objectifs: Acquérir les bases du traitement et de l’analyse des images numériques en biologie; Apprendre à les mettre en pratique sur QuPath

Programme: Introduction à l’analyse d’images digitales en biologie (notions de base); Introduction à QuPath: concepts généraux (notion de projet, charger des images, interface); Déconvolution couleur; Détection d’objets, de tissu, segmentation et classification; Cartes de densité et mesures spatiales; Exporter des mesures; Introduction à l’automatisation (workflow recorder, automatisation en lots)

Durée/dates: 2 demi-journées Mardi 28 mai pm; Mercredi 5 Juin am (les 2 demi journées font partie d’une seule session de formation)

Lien Google form: https://forms.gle/1HmWYowwT5xAdS3n7

 

Introduction à l’analyse d’images avec Fiji/ImageJ (novembre 2024)

Prérequis: Un ordinateur portable avec écran suffisamment confortable et privilèges administrateur

Objectifs: Acquérir les bases du traitement et de l’analyse des images numériques en biologie ; Apprendre à les mettre en pratique sur ImageJ/Fiji

Programme Introduction à l’analyse d’images digitales en biologie (notions de base); Prétraitement des images; Segmentation: seuillage, watershed, WEKA, starDist; Réaliser des mesures; Ethique et reproductibilité; Enregistrer et modifier des macros simples

Durée/date : 1 jour; Mardi 12 Novembre

Lien Google form: https://forms.gle/CUNMhLXUXD2Gpr8a8

QuPath : outils avancés pour la segmentation (Cellpose) et la classification (juin 2024)

Prérequis: Un ordinateur portable avec écran suffisamment confortable, privilèges administrateur et 8GB de RAM minimum ; Avoir suivi l’introduction à QuPath ou bien maîtriser les bases du logiciel; Avoir conda / miniconda / miniforge d’installé sur sa machine. Un lien vers consignes d’installation vous sera envoyé des validation de votre inscription.;

Objectifs: Apprendre à utiliser l’outil Cellpose pour la segmentation dans QuPath

Programme Installer Cellpose dans QuPath; Utiliser des modèles pré-entrainés pour la segmentation; Ré-entrainer un modèle; Classification basée sur le machine learning

Durée/date : 1 jour; 26 juin; salle 4 RDC IRS UN

Lien Google form: https://forms.gle/PuVBLHeQzfK2QEu89

 

Introduction à Cellprofiler (septembre 2024)

Prérequis: Un ordinateur portable avec écran suffisamment confortable et privilèges administrateur; Conseillé : Avoir suivi une formation d’introduction (ImageJ ou QuPath);

Objectifs: Apprendre à construire des workflows d’analyse d’image avec Cellprofiler, sans connaissance de programmation;

Programme: Installer Cellprofiler; Comprendre les différents modules; Construire son workflow pour l’appliquer sur un lot d’image;

Durée/date : 1 jour; Mardi 10 septembre;

Lien Google form: https://forms.gle/qLc6Qw8kJpjzoZjL9

 

Sensibilisation au Deep Learning + Cellpose human-in-the-loop (octobre 2024)

Prérequis: Un ordinateur portable avec écran suffisamment confortable, privilèges administrateur et 8GB de RAM minimum

Objectifs: Se familiariser avec les principes et le vocabulaire de base de l’intelligence artificielle pour l’analyse d’images; Apprendre à utiliser l’outil Cellpose pour la segmentation

Programme: Comprendre le principe théorique du deep learning et les différences avec le machine learning; Apprendre le vocabulaire du deep learning; Installer Cellpose; Annoter avec Cellpose et réentrainer un modèle

Durée/date : 1 jour Mardi 1er octobre

Lien Google form: https://forms.gle/rKRZE9NK54gxYHwh7

 

Introduction à la rédaction de macros dans ImageJ : IJ1 scripting (novembre 2024)

Prérequis: Un ordinateur portable avec écran suffisamment confortable et privilèges administrateur; Avoir suivi une formation d’introduction à ImageJ ou être familier du logiciel

Objectifs: Apprendre à généraliser un workflow et l’appliquer à des batchs d’images.

Programme: Bien préparer une automatisation : définition des tâches élémentaires et notion d’algorithmique.; Notion de variable, de boucles et d’exécution conditionnelle.; Utilisation des fonctions propres d’ImageJ dans les macros : filtrage, gestionnaire de régions d’intérêts, morphométrie, etc.; Utilisation des fonctions ajoutées à ImageJ dans les macros : les plugins.; Représentation des résultats : tableaux de données et graphiques.; Simplification des actions répétées et clarification du code : notions de fonctions.; Interagir avec l’utilisateur : entrées/sorties et interface graphique.

Durée/date : 1 jour Mardi 26 Novembre

Lien Google form:  https://forms.gle/UdAoi2RbndZ5EXbj8

Formations individuelles à la demande

Ces formations sont réalisées  pour des utilisateurs ayant un besoin à court terme des services de la plateforme MicroPICell.
La demande de formation se fait suite à une première prise de contact avec les personnels de la plateforme

HISTOLOGIE

Microtome

Séance de formation pratique, durée 1h.

Cryostat

Séance de formation pratique, durée 1h.

IMAGERIE PHOTONIQUE

-Formation confocal :

Une première partie théorique de 4 heures puis une partie pratique appliquée de 4 heures.

Par la suite, chaque utilisateur utilisant un système sera accompagné par les responsables de la PF.

-Formation Super résolution SIM :

Cette formation sera effectuée après que l’utilisateur soit en complète autonomie sur un système confocal. Durée 2 heures.

-Formation Scanner de lame :

La formation est constituée d’une séance de formation de 1h à 1h30. L’utilisateur devra préciser son besoin ou non du mode fluorescence.

Formation Vidéo microscope simple ou mesure ionique intracellulaire (ex : Fura-2) :

La formation se déroulera par osmose. Les responsables de la plate forme réaliseront la manipulation du système en présence de l’utilisateur qui devra noter les différentes étapes.

En fonction de la complexité de la demande, cette formation « au fil de l’eau » pourra durer plusieurs séances.

Formation High Content Screenning (HCS)

Sur demande

Formation imprimante 3D

Une séance de formation pratique, durée 1h.

TRAITEMENT D’IMAGE

Formation Imagej / Fiji / icy

Les formations individuelles seront réalisées pour répondre à une question précise.

Pour une formation plus générale, se référer au plan de formation de la plate-forme.

Mis à jour le 16 mai 2024.
https://micropicell.univ-nantes.fr/formation