Formation INSERM « Initiation au traitement et à l’analyse d’images avec Image J – FIJI»


Les 10-11 janvier ET 27-28 janvier 2022 (4 jours en 2j+2j)

  • Acquérir les bases du traitement et de l’analyse des images numériques en biologie
  • Apprendre à les mettre en pratique sur Image J-FIJI
  • Introduction aux macros


Formations internes analyse d’image 2022

La plateforme MicroPICell organise une série de formation internes en analyse d'image. Les places sont limitées.

Vous devez apporter un ordinateur portable pour ces formations.

Le lien d'inscription se trouve sous chaque formation:

  • Formation introduction analyse d'image sous Fiji/imageJ

Découvrir les bases du logiciel Image J
S’initier à la gestion des données images (volumes et formats)
Faire des figures scientifiques et reproductibles
Ethique de l’image : éviter la manipulation frauduleuse d’image

Une seule session:Formation d’une journée répartie en 2 demi-journées : De 9h30 à 12h30 le 19 janvier 2022 et de 14h à 17h le 24 janvier 2022 (les 2 font partie d’une seule session) dans la salle 4 de l’IRS-UN
https://evento.renater.fr/survey/formation-introducti...-kqv1ti8n

  • Formation Segmentation et Quantification

Créer des régions d’intérêt dans les images (segmentation, seuillage)
Savoir prétraiter son image pour préparer la segmentation (détecter des spots, des filaments...)
Savoir quantifier ces régions d’intérêt (paramètres de formes et intensité)

Une seule session:9h30-12h30 le 22 février 2022 (1 matinée) dans la salle 4 de l’IRS-UN
https://evento.renater.fr/survey/formation-segmentati...-n25k93bk

  • Formation Traitement des lames virtuelles d’histologie

Savoir ouvrir et manipuler les formats des scanner de lames.
Savoir utiliser l’outil gratuit QuPATH pour traiter les images d’histologie ( comptage par région, classification de cellules).

Une seule session: 9h30-12h30  le 14 mars 2022 dans la salle 4 de l’IRS-UN
https://evento.renater.fr/survey/formation-traitement...-a4zre66w

  • Formation Démystification du machine learning et deep learning pour l’image

Comprendre ce qu”’est le machine learning et le deep learning et voir des exemples d’utilisation.
Savoir utiliser des outils simples qui donnent accès au machine learning et deep learning (sous Fiji et Ilastik).

Une seule session: 9h30-12h30  le  28 mars 2022 (1 matinée) dans la salle 4  de l’IRS-UN
https://evento.renater.fr/survey/formation-demystific...-lleqlj1m

Formations individuelles à la demande

Ces formations sont réalisées  pour des utilisateurs ayant un besoin à court terme des services de la plateforme MicroPICell.
La demande de formation se fait suite à une première prise de contact avec les personnels de la plateforme

HISTOLOGIE

Formateurs : Stéphanie Blandin, Marine Malloci

Microtome

Séance de formation pratique, durée 1h.

Cryostat

Séance de formation pratique, durée 1h.

IMAGERIE PHOTONIQUE

Formateurs : Philippe Hulin, Steven Nedellec

-Formation confocal :

Une première partie théorique de 4 heures puis une partie pratique appliquée de 4 heures.

Par la suite, chaque utilisateur utilisant un système sera accompagné par les responsables de la PF.

-Formation Super résolution SIM :

Cette formation sera effectuée après que l’utilisateur soit en complète autonomie sur un système confocal. Durée 2 heures.

-Formation Scanner de lame :

La formation est constituée d’une séance de formation de 1h à 1h30. L’utilisateur devra préciser son besoin ou non du mode fluorescence.

Formation Vidéo microscope simple ou mesure ionique intracellulaire (ex : Fura-2) :

La formation se déroulera par osmose. Les responsables de la plate forme réaliseront la manipulation du système en présence de l’utilisateur qui devra noter les différentes étapes.

En fonction de la complexité de la demande, cette formation « au fil de l’eau » pourra durer plusieurs séances.

Formation High Content Screenning (HCS)

Sur demande

Formation imprimante 3D

Une séance de formation pratique, durée 1h.

TRAITEMENT D’IMAGE

Formateurs : Magalie Feyeux, Perrine Paul-Gilloteaux

Formation Imagej / Fiji / icy

Les formations individuelles seront réalisées pour répondre à une question précise.

Pour une formation plus générale, se référer au plan de formation de la plate-forme.