Formations
Formations internes analyse d’image 2022
La plateforme MicroPICell organise une série de formation internes en analyse d'image. Les places sont limitées sur le principe de premier arrivé premier servi (n’hésitez pas à nous contacter par mail (magalie.feyeux@univ-nantes.fr) pour être en liste complémentaire).
Vous devez apporter un ordinateur portable pour ces formations.
Ces propositions de formations sont proposées gracieusement par la plateforme. En cas d'inscription à la formation, merci de bien noter les dates sur vos agendas et de prévenir en cas d’absence.
Le lien d'inscription se trouve sous chaque formation:
- Formation introduction à l’analyse d'image et base de la quantification sous Fiji/imageJ
Découvrir les bases du logiciel Image J
S’initier à la gestion des données images (volumes et formats)
Créer des régions d’intérêt dans les images (segmentation, seuillage)
Savoir prétraiter son image pour préparer la segmentation (détecter des spots, des filaments...)
Savoir quantifier ces régions d’intérêt (paramètres de formes et intensité)
Ethique de l’image : éviter la manipulation frauduleuse d’image
2 sessions :
- Le 16 janvier 2023 de 9h30 à 12h30 et de 13h30 à 17h dans la salle 4 de l’IRSUN
- Le 7 novembre de 9h30 à 12h30 et de 13h30 à 17h dans la salle 4 de l’IRSUN
- Formation Qupath pour l'analyse d'image des tissus
Savoir ouvrir et manipuler les formats des scanner de lames
Savoir utiliser l’outil gratuit QuPATH pour traiter les images d’histologie (comptage cellulaire par région, classification de cellules)
2 sessions : Formation d’une journée répartie sur 2 demi-journée
- Le 28 février et le 6 mars 2023 de 9h30 à 12h30 (les 2 font partie d’une seule session) dans la salle 4 de l’IRSUN
- Le 10 et 17 octobre 2023 de 9h30 à 12h30 (les 2 font partie d’une seule session) dans la salle 4 de l’IRSUN
https://evento.renater.fr/survey/formation-qupath-pour-l-analyse-d-image-des-tissus-gvbkifo5
Formation INSERM « Initiation au traitement et à l’analyse d’images avec Image J – FIJI»
Les 10-11 janvier ET 27-28 janvier 2022 (4 jours en 2j+2j)
- Acquérir les bases du traitement et de l’analyse des images numériques en biologie
- Apprendre à les mettre en pratique sur Image J-FIJI
- Introduction aux macros
Formations individuelles à la demande
Ces formations sont réalisées pour des utilisateurs ayant un besoin à court terme des services de la plateforme MicroPICell.
La demande de formation se fait suite à une première prise de contact avec les personnels de la plateforme
HISTOLOGIE
Formateurs : Stéphanie Blandin, Marine Malloci
Microtome
Séance de formation pratique, durée 1h.
Cryostat
Séance de formation pratique, durée 1h.
IMAGERIE PHOTONIQUE
Formateurs : Philippe Hulin, Steven Nedellec
-Formation confocal :
Une première partie théorique de 4 heures puis une partie pratique appliquée de 4 heures.
Par la suite, chaque utilisateur utilisant un système sera accompagné par les responsables de la PF.
-Formation Super résolution SIM :
Cette formation sera effectuée après que l’utilisateur soit en complète autonomie sur un système confocal. Durée 2 heures.
-Formation Scanner de lame :
La formation est constituée d’une séance de formation de 1h à 1h30. L’utilisateur devra préciser son besoin ou non du mode fluorescence.
Formation Vidéo microscope simple ou mesure ionique intracellulaire (ex : Fura-2) :
La formation se déroulera par osmose. Les responsables de la plate forme réaliseront la manipulation du système en présence de l’utilisateur qui devra noter les différentes étapes.
En fonction de la complexité de la demande, cette formation « au fil de l’eau » pourra durer plusieurs séances.
Formation High Content Screenning (HCS)Sur demande
Formation imprimante 3D
Une séance de formation pratique, durée 1h.
TRAITEMENT D’IMAGE
Formateurs : Magalie Feyeux, Perrine Paul-Gilloteaux
Formation Imagej / Fiji / icy
Les formations individuelles seront réalisées pour répondre à une question précise.
Pour une formation plus générale, se référer au plan de formation de la plate-forme.