VOLOCITY 3D image Analysis Software



 

La plateforme met à disposition de ses utilisateurs une version complète du logiciel d'analyse Volocity (Perkin Elmer) contenant les modules de Quantification, Visualisation et re-construction 3D, et Restauration (déconvolution).

 

Une Licence Server est installée afin de pouvoir utiliser Volocity à distance (uniquement pour les utilisateurs situés à l'IRT UN)

 

Ce logiciel permet notamment d'assurer des mesures d'intensité de fluorescence, de compartimentalisation, de colocalisation, de tracking 4D etc...

tutoriels video

 

SVI Huygens Essential



 

Le logiciel Huygens Essential (scientific Volume Imaging) est un logiciel de déconvolution permettant d'améliorer très significativement la résolution d'images acquises en microscopie champ-large ou confocale.

Metamorph/Metafluor


                                           


 

Cette suite logicielle produite par Molecular Devices est utilisée en analyse d'image afin de quantifier de nombreux paramètres de fluoresence. La possibilité d'écrire des journaux (macros) permet d'automatiser en partie le post-traitement d'images (z-stacks, projections, crop, LUT, etc...) et l'analyse.

Le logiciel Metafluor est préférentiellement dédié à l'analyse des variations de fluorescence des sondes ratiométriques (Fura-2, ...)

Amira




Amira est un logiciel de re-construction et de visualisation 3D de piles d'images obtenues en microscopie confocale ou après déconvolution.

Des mesures de volume ou de tracking sont possibles.


NIS element




Logiciels utilisés pour le pilotage des microscopes A1 et C1,  de nombreux modules de post-processing, quantifications et de visualisations sont aussi disponible. Ces logiciels ne sont accessibles que sur les postes d'acquisition de la plateforme.

Arrayscan Analysis Software




L'analyse des données obtenues au HCS est assurée par le logiciel Arrayscan Analysis Software, contenant de nombreux algorithmes aux paramètres multiples (cycle cellulaire, mobilité, colocalisation, translocation, spot detector etc...).

Bitplane Imaris v.8




La suite logicielle Imaris Ultimate Collection est disponible sur la plateforme sur un poste PC dédié. La version complète du logiciel est disponible et permet de réaliser des reconstructions 3D/4D (3D+temps) et ainsi que de nombreuses mesures.

Les modules de quantification disponibles sont:
Measurement Pro, Imaris Track, Imaris Cell, Filement Tracer, Imaris Coloc, Imaris Batch

Ce logiciel permet via le module ImarisXT d'utiliser des plugins matlab pour des analyses supplémentaires.
Le module Vantage permet d'accéder à des représentations dynamiques et multi-paramétriques des mesures réalisées.

Logiciels Libres


Image J





FIJI



Image Surfer



ImageSurfer is free 3D imaging software to visualize and analyze multi-channel volumes