Formations individuelles à la demande

Ces formations sont réalisées  pour des utilisateurs ayant un besoin à court terme des services de la plateforme MicroPICell.
La fiche de demande de formation est à télécharger ici

HISTOLOGIE

Formateurs : Stéphanie Blandin, Marine Malloci

Microtome

Séance de formation pratique, durée 1h.

Cryostat

Séance de formation pratique, durée 1h.

IMAGERIE PHOTONIQUE

Formateurs : Philippe Hulin, Steven Nedellec

-Formation confocal :

Une première partie théorique de 4 heures puis une partie pratique appliquée de 4 heures.

Par la suite, chaque utilisateur utilisant un système  sera accompagné  par les responsables de la PF.

-Formation Super résolution SIM :

Cette formation sera effectuée après que l’utilisateur soit en complète autonomie sur un système confocal. Durée 2 heures.

-Formation Scanner de lame :

La formation est constituée d’une séance de formation de 1h à 1h30. L’utilisateur devra préciser son besoin ou non du mode fluorescence.

Formation Vidéo microscope simple ou mesure ionique intracellulaire (ex : Fura-2) :

La formation se déroulera par osmose. Les responsables de la plate forme réaliseront la manipulation du système en présence de l’utilisateur qui devra noter les différentes étapes.

En fonction de la complexité de la demande, cette formation « au fil de l’eau » pourra durer plusieurs séances.

Formation Apotome

La formation est constituée d’une séance de formation uniquement pratique. Durée 2h.

Formation High Content Screenning (HCS)

Sur demande

Formation imprimante 3D

Une séance de formation pratique, durée 1h.

TRAITEMENT D’IMAGE

Formateurs : Magalie Feyeux, Perrine Paul-Gilloteaux

Formation Imagej / Fiji / icy

Les formations individuelles seront réalisées pour répondre à une question précise.

Pour une formation plus générale, se référer au plan de formation de la plate-forme.

màj octobre 2019

Formation interne analyse d’image:

La plateforme MicroPICell organise une série de formation internes en analyse d'image. Les places sont limitées.

Vous devez apporter un ordinateur portable pour ces formations.
Le lien d'inscription se trouve sous chaque formation.


Formations décembre 2019, janvier 2020 et avril 2020

Formation Segmentation et Quantification

Créer des régions d’intérêt dans les images (segmentation, seuillage)

Savoir prétraiter son image pour préparer la segmentation (détecter des spots, des filaments...)

Savoir quantifier ces régions d’intérêt (paramètres de formes et intensité)

session 1: 9h30-12h30 le 19 décembre 2019 (1 matinée) Salle 635

https://evento.renater.fr/survey/formation-segmentation-et-quantification-session-1-vgz08qxr

session 2: 9h30-12h30 le 20 janvier 2020  (1 matinée) Salle 635

https://evento.renater.fr/survey/formation-segmentation-et-quantification-session-2-s2pzcrmx

  • Formation Traitement des lames virtuelles d’histologie

Savoir ouvrir et manipuler les formats des scanner de lames

Savoir utiliser l’outil gratuit QuPATH pour traiter les images d’histologie ( comptage par région, classification de cellules)

Une seule session: 9h30-12h30  le 10 mars et le 12 mars 2020 (2 matinées, les 2 font partie d’une seule session) Salle 4 IRS UN

https://evento.renater.fr/survey/formation-traitement-des-lames-virtuelles-dhistologie-yo3trvrp

  • Formation Démystification du machine learning et deep learning pour l’image

Comprendre ce qu”’est le machine learning et le deep learning et voir des exemples d’utilisation

Savoir utiliser des outils simples qui donnent accès au machine learning et deep learning (sous Fiji et Ilastik)

Une seule session: 9h30-12h30  le  7 avril 2020  ( 1 matinée) Salle 4 IRS UN

https://evento.renater.fr/survey/formation-demystification-du-machine-learning-et-deep-learning-pour-limage-i7501aur

màj janvier 2019

La plateforme MicroPICell organise une série de formation internes en analyse d'image. Les places sont limitées à 25 participants par session.

Vous devez apporter un ordinateur portable pour ces formations.

Elles ont toutes lieu en salle 4 IRS UN (salle du fond du hall)

Le lien d'inscription se trouve sous chaque formation:

  • Formation introduction analyse d'image sous Fiji/imageJ

Découvrir les bases du logiciel Image J
S’initier à la gestion des données images (volumes et formats)
Faire des figures scientifiques et reproductibles
Ethique de l’image : éviter la manipulation frauduleuse d’image

session 1: 9h30-12h30 les 22 et 23 novembre (2 matinées)

Session 2 : le 17 janvier 9h30-12h30 et 14h-17h.

Session 3: répartie sur 2 jours , jeudi 28 février 2019 à 10-13h et vendredi 8 mars 10-13h

 

Prérequis : Niveau débutant

Lien d'inscription: https://evento.renater.fr/survey/formations-introduction-analyse-d-image-sous-fiji-imagej-cmx727h9

  • Formation colocalisation : Définition, Principes et outils logiciels

Comprendre les mesures de colocalisations
Etablir un protocole d’acquisition pour une quantification correcte de la colocalisation
Connaitre le principe des méthodes usuelles de quantification de la colocalisation
Savoir comment choisir la méthode la plus adéquate.
Savoir utiliser les outils logiciels associés.

Session unique le vendredi 1er Mars 2019, 9h30-12h30 et 14h-17h

Prérequis : bases en analyse d'image (type Formation introduction analyse d'image)

Lien d'inscription: https://evento.renater.fr/survey/formation-colocalisation-definition-principes-et-outils-logiciels-i09g4564

  • Introduction à l’automatisation de l’analyse: sous ImageJ et ICY.

Savoir réaliser une macro ImageJ simple pour traiter un ensemble d’image automatiquement
Savoir réaliser un protocole visuel (programmation visuelle) sous Icy
Savoir modifier une macro complexe pour l’adapter à ses besoins.
Connaitre les notions de bases de programmation (variables et types, boucles, tests)

Session unique le mardi 25 juin 2019, 9h30-12h30 et 14h-17h

Prérequis : Avoir déjà créé des analyses simples sous ImageJ ou Icy

Lien d'inscription: https://evento.renater.fr/survey/formation-introduction-a-l-automatisation-sr8tc6wn